其中，消毒与抗菌的区别主要在于三个方面:
第一、抗菌和消毒的作用形式不同。消毒在需要的时间、需要的部位、适时使用比较迅速、彻底地杀灭目标微生物，形式上有"主动出击"的特点。而添加抗菌剂制成的抗菌产品只有在病菌与其接触时才会发生作用，使病菌不能在其表面定植并滋生繁殖，具有"守株待兔"的特点。
第二、抗菌和消毒的作用时效不同。消毒产品大多是比较活泼的物质，相当一部分(如含氧化合物、过氧化合物等)还属于强氧化剂。因此具有迅速杀灭微生物特性的同时，其又很不稳定，使用后快速分解或与其他物质起化学反应而失效，残效期很短，要控制二次污染，只能再次施用。而抗菌产品一般通过添加稳定性良好的抗菌剂制得，因此制成的抗菌产品性能稳定，具有长效抗菌效果。
第三、抗菌和消毒的使用目的不同。消毒以防止或减少病菌的传播为目的。抗菌除了会防止或者减少病菌的传播之外，还要用于保护材料或者产品免受微生物的损害(如腐败、霉变等)。